1372 wurde die Begrenzung der Zahl der Insassinnen aufgehoben. Die Vogtei über das Kloster lag bei der Ortsherrschaft, gelangte somit mit dem Erbe der Tierberger 1550 an die Herren von Westerstetten und ab 1625 an die Schenken von Stauffenberg. Das Kloster verfügte bereits im 14. Jh. über Grundbesitz in zahlreichen Orten der Nachbarschaft sowie in Margrethausen selbst.

Ab 1492 entstanden Auseinandersetzungen mit dem Ortsherrn Melchior von Tierberg und dessen Sohn Johann Konrad vor allem wegen Frondiensten und dem Bürgerrecht der Klausnerinnen in Ebingen, wo die Schwestern im Spital ein "Nonnenstüble" unterhielten. Die Streitfälle kamen an Württemberg, das das Kloster vor weiteren Übergriffen schützte (1498, 1524). Auch nach der Einführung der Reformation in Württemberg hielt das Kloster seine guten Beziehungen zum Herzogtum als Gegengewicht gegen die Forderungen des Ortsherrn aufrecht.

Im 30-jährigen Krieg verwahrlosten die Klostergebäude, zudem gingen die Einkünfte des Klosters deutlich zurück. Ab 1699 entstanden Pläne für einen Neubau, der durch Almosen mitfinanziert wurde. Der Baubeginn erfolgte 1720, 1723 wurde die Anlage, die nun auch eine eigene Klosterkirche besaß, geweiht. Der Konvent umfasste in der zweiten Hälfte des 18. Jh. zwischen 16 (1799) und 18 (1755) Schwestern.

1799 wurde das Kloster durch französische Truppen gebrandschatzt. Mit der Säkularisation fiel das Kloster an Württemberg. Die Franziskanerinnen besaßen zu diesem Zeitpunkt Güter in 13 Orten der Nachbarschaft. Zunächst konnten die Schwestern noch im Kloster verbleiben, 1811 wurden die 15 Frauen jedoch mit jährlichen Pensionszahlungen durch das Königreich abgefunden.

Ab 1806 befand sich vorübergehend eine württembergische Försterei im Nordflügel des Klosters. Als das Gebäude in den nächsten Jahren ungenutzt blieb, wurde ein Teil der Ausstattung geplündert.

1815 lebte noch eine Schwester im ehemaligen Kloster.

1824 verkaufte Württemberg den West- und Nordflügel an die Gemeinde Margrethausen, die diese als Schulraum und Lehrerwohnung wie auch für die Ortsverwaltung nutzte. Der Ostflügel wurde 1859 an das Dekanat Schömberg veräußert, das dort eine Pfarrerwohnung einrichtete. Die kleine Klosterkirche, zwischen Konventsbau und Pfarrkirche gelegen, wurde ebenso wie das Haus des Beichtvaters, der Südflügel und ein kleiner Teil des Nordflügels des Konventsbaus abgebrochen. Die Gemeinde Ratshausen erwarb die beiden Barockaltäre und das Hochaltarbild für ihren Kirchenneubau.

Bis 1955 befanden sich Schulräume in der Klosteranlage (1936 – 1954 auch der Kindergarten). Der südliche Teil des Westflügels wurde als Turnhalle genutzt, dann als Feuerwehrmagazin (bis zur Gegenwart). Der Ostflügel dient seit 1981 der Kirchengemeinde. In den Jahren 2000/01 erfolgte die Umgestaltung des Klosterhofs. Lediglich im Untergeschoss des Ostflügels haben sich einzelne Räume aus der Klosterzeit original erhalten (Lagerräume, Backofen, Raum zum Trocknen der Wäsche).